التهاب القولون قد يكون طفيلي او بكتيري او تقرحي او مناعي مثل داء كرونز وجميعهم لهم نفس الاعراض
يتم التفريق بينهم بتحليل البراز العادي لتشخيص الطفيليات ومزرعة البراز للبكتيريا وتحليل calprotectin بالبراز للالهابات المناعيه والتقرحيه مع تحاليل الدم Esr//crp وقد بحتاج التشخيص للناكيد عمل متظار للقولون