العلاج الدوائي الامثل لجرثومة المعده هو العلاج الثلاثي والذي يتكون من علاج اساسي للمعده مثل بنتالوك40 ويؤخذ قبل الاكل بنصف ساعة و نوعين من المضادات الحيويه وهي اموكسسللين جرعه 1000مجم وبؤخذ مرتين يوميا بعد الاكل مباشرة و كلاريثروميسين 500 و يؤخذ مرتين يوميا بعد الاكل بساعتين
وجميع العلاجات يتم تناولها لمدة اسبوعين دون انقطاع وبعد اسبوعين يتم الاستمرار على بنتالوك 40 مرة واحدة باليوم لمدة اسبوعين
ثم يوقف وبعدها يتم عمل التحليل بالبراز او التنفس للتأكد من شفاء الجرثومه
قد يتم اضافة بعض العلاجات في حالة عدم استجابة الجرثومه للعلاج السابق
مثل ان يستبدل كلاريثروميسين بعلاج اخر مثل تافانيك او فلاجيل ويتم زيادة علاج لتقليل الحموضه مثل جافيسكون
وحديثا تم دمج العلاجات معا بقرص واحد يسمى هيليكيور ويؤخذ مرتين يوميا لمدة اسبوعين ويحوي المضادات بالاضافه لعلاج المعدة