الالتهاب المريئي نتيجة للعدوى هو أكثر بين الأشخاص الذين أضيرت أجهزة مناعتهم، فهو احد المضاعفات المتكررة لفيروس نقص المناعة البشري HIV والأشخاص الذين يتلقون العلاج الكيماوي والعلاج الإشعاعي لعلاج السرطان, فعندما يضعف جهاز المناعة يصبح من السهل أن تهاجمها الميكروبات المعدية مثل الفيروسات والبكتيريا والفطريات.
الالتهاب المريئي الناتج عن العدوى يعالج بالأدوية المضادة للفيروسات وللبكتريا (المضادات الحيوية) والفطريات